赣州城外明军和乡勇端着武器杀入城，城内清军还有四千多人，在八旗兵指挥下全部龟缩在城内，想和明军打巷战，可是秦楚不给他们机会，命令周福东等本土人士去喊话，只要投降，以前投降鞑子事情既往不咎，可以选择回家，也可以选择加入官军，要是继续负隅顽抗，不仅要被杀死，还会连累家人和父老乡亲。
城内绿营兵大部分都是赣州府本地人，有部分还是投降清军的乡勇，和明军那边乡勇都是熟人，在周福东喊话后，有一千多绿营兵选择投降，还有将近两千绿营兵仍然在顽抗，他们全部集结在赣州府校场，利用这里防御设施，和明军决一死战。
对于清军中的死硬分子，秦楚从来不手软，下令全军杀入校场，校场清军被杀散后，全部躲入到巷子中，明军以街道为目标，逐条街道进行清扫，只要是负隅顽抗者，统统消灭，到这个份上，残存八旗兵和绿营兵也不再心存幻想，和明军进行惨烈巷战，秦楚看着巷战爆发，有点后悔没有带一部分城防军过来，城防军可是巷战好手，遇到清军躲在屋子里，直接就是一坛子炸药扔进去，有点后世特种兵城市作战味道，不过赣州城绿营兵战斗力也不强，经过半天时间清扫，终于消灭城中清军抵抗势力，
将城中清军肃清后，秦楚正式开始全面接管赣州城，城中乡勇还有四千余人，被分成三部分，其中以岳令柒为首一千乡勇直接划给李长刀和郭渊部，两人各自分到五百人，其中岳令柒为郭渊部副千总，剩下两千多乡勇要求回归各地地主乡绅序列，对这些要求回归乡勇，秦楚也没有拒绝，大方让他们回去，剩下一千左右乡勇都是主力被打散的部队，全部被划分到曹宇宙部，用来充实曹宇宙部实力。
至于被俘虏两千多绿营兵，全部被剪掉辫子，这些人怎么处置，秦楚一时间也没有好办法，毕竟他们加入清军在先，想把他们吸纳到队伍中，恐怕使得军队战斗力和抗清意志大幅度下降。
周福东却和秦楚提出一个好法子，这些人都是俘虏，反正也没啥战斗力，还不如都分给各个地主做家奴，可以得到一大笔银子等补偿，还可以和本土人搞好关系，这个方法确实很不错，要不是杨巴龙一席话，秦楚差点就答应下来。
“大人，这些绿营兵是可恨些，但这么分掉着实可惜，下官认为何意让他们去屯田，帮助官府屯田，总比私人屯田更强。”
也正是因为杨巴龙这句话，让秦楚茅塞顿开，他把大量土地分给老百姓和有军功将士，真正掌握在指挥部手中土地却很少，这些土地也都被荒废，如果有这些俘虏帮忙开垦屯田，这会使得指挥部权利和威慑力大为增加，不仅可以压制本土势力，还能够加强对占领区域控制能力。
秦楚坠杨巴龙更加信任，也虚心接受杨巴龙建议，周福东又吃了一个憋，也无话可说，谁让秦楚才是真正朝廷命官呢？
做完这些后，秦楚命令赣州城戒严，同时命令徐仁才继续打探刘良能和杨遇明具体位置，徐仁才率领部下出城而去，有赣州府百姓帮忙，很快就打探到刘良能动向。
刘良能在安远县停留半天，又是虚晃一枪，把杨遇明引来后，调转方向由此一次北上，在新田和情报部官员接上头，终于知道赣州城已经被秦大人攻占，任务已经完成，刘良能也就没有必要再带着杨遇明兜圈子，直接率军撤回赣州城，在身后的杨遇明穷追不舍。
当他知道刘良能竟然往赣州城逃窜，心里那个得意，心想这群明军也是脑子发糊，竟然往赣州城逃窜，这不是送死的吗？
在距离赣州城还有半天路程，命令部将去赣州城调动绿营兵，和八旗兵一起夹击刘良能这伙明贼，结果派去赣州城的部将，刚刚进城就被岳令柒一刀砍死，他等了半天都不见部下回来复命，心里有些奇怪，反正刘良能骑兵就在赣州城附近，他的部队也需要短暂歇息，于是带着八旗兵直接回城。
此时在赣州城内，一片凌肃之景，在小南门门口，已经完全复原，看不出来这里不久前发生战斗痕迹，秦楚率领全军将士在城内设下伏击。
其中曹宇宙令一千将士在东门埋伏，郭渊领兵一千在西门埋伏，其余将士全部埋伏在小南门，这里是杨遇明回城必经之路，其他两们门比较狭窄，从小南门入城，可以直接进入校场，明军在小南门城门口六百米距离，二十门虎蹲炮已就位，只等清军入城，大炮齐发，利用虎蹲炮杀伤力及辐射范围面积大特点，最大限度杀伤八旗兵，其余士兵全部埋伏在小南门两侧，等待敌军完全进入小南门，全局伏兵尽出，将杨遇明等八旗兵关门打狗，全部歼灭。
杨遇明在回城途中一直等待部将回来复命，却没有等来部将，这使得对赣州城是否产生变卦而感到怀疑，他把部队分成两部分，第一部分八百八旗兵先进城，等城内安全，剩下一部分再进城也不迟。
赣州城城墙上由明军和乡勇假扮绿营兵在城墙上巡逻，留守的八旗兵铠甲也被换上，从城外看没有任何区别，当第一批八百八旗兵，昂着头从小南门进城，秦楚看见清军分成两部分，立即下令改变计划，由刘良能率领全军骑兵去游斗城外八旗兵，其余人以最快速度歼灭入城八旗兵。
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