不过在收复江南后，赵昺再行以这些方法行事时，却遭到了抵制。但他并没有意识到形势产生变化的同时，主要矛盾也悄然发生了变化，因而他将反对的声音是视为旧势力不甘失败的体现，进而采用了更为严厉的手段弹压，对与蒙元了联系的人皆视为威胁自己统治的敌人予以打击。而结果就是与清流间的矛盾激化，导致自己进入江南后就遭到了执政危机，不得不靠与士人大族联姻来平息之间的矛盾。
此后赵昺依然打着‘北伐中原，牧马西边’的口号来号召各方势力支持新政权，并通过不断的战争来激化与蒙元间的矛盾，想继续借此对旧规则进行改革。虽然亦有成效，但是阻力明显增加。他早就提出俢敕，重新勘定法典，可事情两年过去了，至今尚未成书，甚至参与者仍在为是‘法不容情’，还是‘情大于法’争执不休。
可惜他依然没有意识到其中的根源。直到当下自己兵进两淮，欲夺取中原之时，反对的声音骤然增加，使得赵昺才开始深层次的反思，此时蒙元势力被赶出江南，主要的矛盾失去一个可以汇集的焦点，依旧存在的矛盾遂离散为比较广泛范围内的矛盾，离心力也显现为一种普遍的离心力。意识到民族矛盾趋向于消饵，问题的重心也是决然不同的。
此时问题的核心已变为：在旧的统治秩序完全破坏之后，再凭什么资源来重新整合天下，整合各种社会矛盾，消弭各种离心力，以便重建新的统治秩序和新的统一局面。那么从前的做法就不能适应新的形势了，因为这与重新整合天下的目的是背道而驰的，需要的是消弭矛盾进而整合各种矛盾，而不是激化矛盾。
但是赵昺在入主江南后改组太学和建立职业学院，并将琼州以官员治理乡间的方式移至过来，这些极大的刺激了士人们的神经。改组太学进行分科教育，打破了单一儒学教育的体系，破坏了士大夫执政的传统；而官员参与治理基层政权，也让过去乡绅治理乡间的传统瓦解，士人的话语权降低。使得士人阶层感到自己的权力受到了威胁，难以在控制民意，从而使他们恐慌和焦虑，转而便开始抨击朝政，反对变革，以此想维护自己的阶级利益。
不过赵昺现在即使明白了，但在变革诸事也上不想妥协，而是要坚持自己的理念。因为他清楚历史变革错综复杂，但它要求参与者最关键的是要有一种救民于水火之中的济世情怀，以天下的黎民百姓、苍生疾苦为念。在旧的秩序被破坏之后，以重新澄清天下、安定天下、重建统一为己任，而不是为一己之私念，称王称霸，贪欲恣肆，嗜于杀戮，不能让一群流氓士人上位。
可通常的情况却是，旧的社会秩序一经解体，社会中潜藏的各种能量都被释放出来，参与其中的人素质参差不齐。有多少人能够抱有救民于水火之中的济世情怀呢?若在他们建立政权之后，天下尚未平定、百姓疮痍未复，便耽于个人享乐，贪欲恣肆，全不以苍生疾苦为念。如果连这点基本的情怀都没有，那就更谈不上会有兼济天下、统一天下的雄才大略了。
而此刻天下纷乱之际，形势错综复杂，在纷乱的旋涡中，会有人人能够认清形势的变化、适应新的形势、调整自己的政策、改变运动的方向，而他也要有这种清醒的认识，由自己去浊留清，借助历史所酝酿出的力量来主导着的整个运动的方向，推动历史车轮前行，即便这不是件容易的事……
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